تقوم وزارة البيئة والمياه بتنفيذ قرار مجلس الوزراء قرار رقم (14) لسنة 2014 بشأن رسوم خدمات وزارة البيئة و المياه، والذي يتضمن رسوم الوزارة عن إصدار أو تجديد الشهادات، فحص العينات الحيوانية والزراعية، الإفراج عن الإرساليات، اذونات الاستيراد والتصدير، وطلبات إصدار التراخيص الحيوانية والزراعية، بالإضافة الى العديد من الخدمات الأخرى.

وتباشر الوزارة اعتباراً من 01 أبريل 2014 بتطبيق قرار الرسوم في اطار الجهود الرامية إلى تحسين جودة وكفاءة الخدمات
المقدّمة، بما يتماشى مع توجيهات القيادة الرشيدة في تقديم خدمات متميزة ذات جودة
عالية للمتعاملين.

كما ويشمل القرار إعفاءات وتعديلات على رسوم الخدمات التي
تقدمها وزارة البيئة والمياه،  كما ينص أيضاً على فرض عدد من الغرامات في
حالات مخالفة اشتراطات الاستيراد.